Los testimonios recogidos indican que fue llevado a una comisaría en General San Martín, donde sufrió torturas. Trágicamente, nunca volvió a ser visto con vida. Su desaparición provocó enérgicos reclamos y se señaló al comisario Juan Fiorillo como el responsable de este hecho.

El nombre de Felipe Vallese se convertiría en un símbolo de la lucha y la denuncia contra las desapariciones forzadas en Argentina. El salón de actos de la Confederación General del Trabajo (CGT) lleva su nombre, honrando su memoria y su lucha.

El fatídico 23 de agosto, después de las 11 de la noche, Felipe Vallese fue secuestrado en la calle Canalejas, cuando regresaba a su hogar en el barrio de Flores, donde vivía con su pareja Elbia de la Peña y su hijo pequeño Felipe.

Varias presentaciones y denuncias se llevaron a cabo, muchas de ellas encabezadas por la CGT, bajo el liderazgo de Augusto Timoteo Vandor, referente sindical y dirigente de la Unión Obrera Metalúrgica (UOM).

Diez días después del secuestro, y luego de inicialmente negar su participación, las autoridades de la Policía Bonaerense informaron que se habían realizado detenciones en la localidad de José Ingenieros. Sin embargo, no se brindó información sobre el paradero de Vallese, quien nunca más sería visto con vida.

En 1965, los abogados Rodolfo Ortega Peña y Eduardo Luis Duhalde profundizaron en el caso en su libro "Felipe Vallese, proceso al sistema". Según sus investigaciones, Vallese murió durante una sesión de torturas dirigida por el oficial principal Juan Fiorillo, quien tenía 31 años en ese momento.

A pesar de estas investigaciones, la condena contra Fiorillo en 1971 por privación ilegítima de la libertad no pudo probar el asesinato debido a la falta del cuerpo de la víctima. Como resultado, Fiorillo recuperó su libertad tres años después. Este trágico episodio marcaría el inicio de una serie de desapariciones forzadas que afectaron profundamente a la sociedad argentina en las décadas siguientes.