El joven que se convirtió en testigo de identidad reservada tras ser propuesto por la querella del caso, desapareció de su domicilio luego de enviarle un mensaje a su esposa asegurando que había recibido amenazas. Se esperaba que, luego de haber declarado en la causa, acompañara a los fiscales Andrés Heim y Horacio Azzolín en una nueva recorrida. La desaparición fue dada a conocer a comienzos de la noche por Cristina Castro, la madre de Facundo.

El fiscal Azzolín investigó el paradero del testigo, mientras que un equipo de Gendarmería Nacional permanecía en su casa con su pareja. Se esperaba que se contacte para ofrecerle protección, pero su teléfono estaba apagado poco después de la medianoche. En horas de la madrugada, según fuentes del expediente, el testigo regresó a su domicilio por sus propios medios.

La autopsia llevada a cabo en octubre de 2020 por el Equipo de Antropología Forense con un diagnóstico de asfixia por sumersión no pudo determinar si Facundo fue asesinado, murió por accidente o se quitó la vida.

Por ello, avanzaron con el caso, que cobró nuevo impulso a mediados de febrero cuando se llevó a cabo un allanamiento a la comisaría de la localidad de Teniente Origone, el destacamento policial en el que fue visto por última vez el joven y donde además hallaron un amuleto que aparentemente le pertenecía.

La jueza Marrón rechazó, en un principio, el pedido de allanamiento solicitado desde el 1° de octubre pasado por los fiscales Heim y Azzolín. Esto llevó a que los representantes del MPF apelaran la decisión e interpusieran luego una queja. A partir de esto, la Cámara Federal admitió primero la queja y luego hizo lugar parcialmente al recurso y efectivizó la medida.