Desde entonces, la familia y el gobierno nacional han acusado al Gobierno de la Ciudad de encubrimiento y han solicitado que el caso sea caratulado como "desaparición forzada", aunque los funcionarios judiciales han rechazado la petición.

La investigación ha sido cuestionada por una serie de irregularidades, entre las que se incluyen un supuesto mal funcionamiento de más de cuarenta cámaras de seguridad en la zona, la eliminación de una pericia realizada sobre el teléfono de Arshak por parte de la Policía de la Ciudad, así como la falta de cooperación del Gobierno de la Ciudad con la familia de Karhanyan y la ausencia de posicionamiento oficial sobre el caso.

El oficial de policía salió de su casa en el barrio de Caballito el 24 de febrero de 2019, sin sus dos celulares, sin su moto y con su arma reglamentaria, pese a encontrarse gozando de un período de cinco días de franco.

Fue visto por última vez en un video de seguridad en una tienda donde compró una pala, después de retirar dos mil pesos de un cajero automático cercano. Hasta un mes antes de su desaparición, Karhanyan había trabajado en la División Exposiciones de la Policía de la Ciudad, encargada de realizar allanamientos e incautaciones, pero había sido trasladado a la Comisaría 7-B, lo que para él significaba una baja en su categoría.

La investigación del caso fue llevada a cabo por la Fiscalía en lo Criminal y Correccional Nº 2 de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, bajo el control del juez Alberto Baños, titular del Juzgado Criminal y Correccional Nº 27 de la ciudad.

Sin embargo, el juez negó el pedido de la fiscalía para allanar la División Exposiciones y rechazó el pedido de la familia Karhanyan de ser tenida como querellante en la causa. La familia considera que la hipótesis principal de la desaparición está vinculada al encuentro con el policía Leonel Herba, última persona en verlo con quien había trabajado en la División Exposiciones, y quien ha sido señalado por la querella por su notable incremento patrimonial, aunque el caso sigue sin resolverse.

Hoy Clarín cuenta q los celulares de los espías de Macri (con la data q generó el escandalo) estaban en un juzgado a causa de un robo de u$s 60.000 de la oficina de cibercrimen de la policía de la ciudad, dónde estos trabajaban ¿No sé dan cuenta q ahí cumplía servicios ARSHAK? pic.twitter.com/u6vKiE4rPq

— Leandro Santoro (@SantoroLeandro) June 13, 2020

El oficial Arshak Karhanyan, según reveló Leandro Santoro desde su cuenta de Twitter trabajaba junto a los espías de la AFI macrista encargados del espionaje ilegal.

De poder confirmarse esta información la desaparición del policía estaría directamente vinculado a la causa de las escuchas ilegales de Mauricio Macri.